Sử dụng kháng sinh thường xuyên ở trẻ sinh non có thể giúp phòng ngừa nhiễm khuẩn nhưng có tác dụng không mong muốn là làm suy giảm hệ vi sinh đường ruột và tăng vi khuẩn kháng thuốc. Nghiên cứu đăng trên tạp chí vi sinh học của Nature báo cáo các nhóm vi khuẩn đường ruột đa kháng thuốc (Enterobacteriaceae) gồm Escherichia, Klebsiella và Enterobacter ở những trẻ sinh non dùng kháng sinh thường xuyên. Ba loại kháng sinh liên quan tới giảm sự đa dạng của hệ vi sinh đường ruột là meropenem, cefotaxime và ticarcillin-clavulanate. Barbara B Warner, đồng tác giả của nghiên cứu, phát biểu “thông thường sử dụng kháng sinh không gây hại và có lợi. Nhưng nghiên cứu của chúng tôi cho thấy sử dụng kháng sinh phổ rộng ở trẻ sinh non có tác dụng phụ”.