Khi những con muỗi cái Anopheles gambiae tiếp xúc nồng độ thấp atovaquone chống sốt rét trên những nơi được tẩm chất atovaquone như mùng ngủ có thể ngừng chu kỳ sống và dự phòng lây truyền kỳ sinh trùng Plasmodium falciparum gây sốt rét. Atovaquone và các hợp chất khác gây ức chế cytochtome b, can thiệp vào chức năng ty thể của ty lạp thể ngăn chặn sự phát triển khi muỗi tiếp xúc thuốc chống sốt rét trước hoặc ngay sau nhiễm P. falciparum. Các nhà nghiên cứu cho rằng viền lưới chống muỗi bằng atovaquone hoặc thuốc sốt rét có hiệu quả tương tự giúp loại bỏ sốt rét đặc biệt trong thời kỳ kháng thuốc trừ sâu đang tăng.