Chương trình nghị sự kháng kháng sinh cần bao gồm cải tiến chẩn đoán và điều trị vi nấm kháng thuốc. Các chuyên gia bình luận trên tạp chí bệnh truyền nhiễm mới nổi (Emerging Infectious Diseases) về nhu cầu cần nâng cao kỹ thuật chẩn đoán và điều trị vi nấm trong các chương trình nghị sự kháng kháng sinh. Các tác giả nhấn mạnh rằng thiếu các xét nghiệm chẩn đoán bệnh do vi nấm, làm nghiêm trọng thêm chủ nghĩa kinh nghiệm trong sử dụng kháng sinh, cả kháng kháng sinh và kháng thuốc chống nấm. Các tác giả cho tằng chẩn đoán nhiễm trùng và hen suyễn do nấm không chính xác thường dẫn tới việc sử dụng kháng sinh phổ rộng không hợp lý mà đúng ra phải sử dụng thuốc kháng nấm. Các tác giả kết luận, thiếu các phương tiện và kết quả chẩn đoán nhiễm nấm trong việc ra toa và điều trị tác nhân nhiễm khuẩn không hợp lý và vượt qua khỏi kinh nghiệm sử dụng thuốc kháng nấm làm cho hàng triệu bệnh nhân bị nhiễm nấm nhưng không được chẩn đoán xác định.